El sexismo contra transexuales también ha sido identificado en fechas recientes y aún no ha sido incluido en el discurso público. Tradicionalmente, se ha visto la transexualidad como un problema psicológico relacionado con un trastorno de identidad de género. Sin embargo, recientes investigaciones médicas sobre cerebros de transexuales indican que la composición de éstos muestra a menudo la composición del sexo con el que se identifica el individuo en lugar de la del sexo de nacimiento. Esto apoya la teoría de que el cerebro de un individuo puede desarrollarse en un sentido diferente al de sus genitales, por lo que la transexualidad es de origen innato y no psicológico. La investigación también apoya las expresiones «hombre atrapado en el cuerpo de una mujer» y «mujer atrapada en el cuerpo de un hombre».

La «transexualidad» alude a la condición de autoidentificarse con el sexo opuesto al de nacimiento. El movimiento LGBT ( lLsbianas, Gays, Bisexuales y Transexuales) ha luchado activamente contra el sexismo contra los transexuales. Muchos acontecimientos y organizaciones «sólo para mujeres» han sido criticados por rechazar a los transexuales femeninos, y de igual forma sucede con los acontecimientos y organizaciones «sólo para hombres» que rechazan a los transexuales masculinos. Las personas transexuales también son con frecuencia el blanco de crímenes de odio, ya que la noción tradicional de masculinidad y feminidad se ve a menudo amenazada.