Podemos dividirlas en dos grupos: Físicas y Psíquicas. Las causas de tipo físico son las menos comunes y pueden tener relación con cualquier patología de los órganos pélvicos que, en el momento presente, haga dolorosa la penetración o que causara dolor en épocas pasadas, motivo por la cual se constituye como la base para que se establezca una respuesta de vaginismo en el momento presente.
Es evidente que cuando existe una patología local que causa dolor en el acto sexual, su curación es requisito esencial en el tratamiento del vaginismo, dado que mientras el coito sea doloroso el reflejo aprendido persistirá y además se verá reforzado por los frecuentes intentos de penetración.
Es importante tener en cuenta que, muchas veces, cuando la patología es tratada médicamente en forma adecuada el vaginismo desaparece, pero cuando persiste debe derivarse al sexoterapeuta.
Casi en el cien por cien de las ocasiones, el vaginismo está causado por factores de tipo psicológico, que fundamentalmente tienen que ver con un mal aprendizaje debido a circunstancias diversas que se pueden ir sumando entre sí hasta provocar esta respuesta de defensa sexual en la mujer: una educación puritana estricta, una mala socialización del control de esfínteres, a problemas sexuales del compañero, a los efectos de una violación (entendiendo por tal la percepción de la experiencia, es decir, que algunas mujeres pueden vivir su primera experiencia sexual como una violación), a falta de información sexual y la existencia de mitos y creencias erróneas acerca de la primera experiencia sexual de coito, de lo cual puede derivarse el temor al dolor,.
Hemos visto que hay un gran número de causas remotas pero la causa inmediata específica del vaginismo es siempre la respuesta aprendida de defensa o evitación del coito producida por experiencias dolorosas previas al intentar realizarlo.
Los casos pueden ser muy diferentes entre sí, pero el más frecuente de ellos, es el de la pareja donde el hombre presenta dificultades de la erección producida a su vez por el miedo a dañar a su compañera o por la ansiedad por penetrar, que lo induce a la aparición de su propia dificultad en la sexualidad.